Создание заказника федерального значения «Долина дзерена» было включено в «Комплекс мер, направленных на улучшение экологической обстановки в Сибирском федеральном округе», разработанный в соответствии с поручением Президента Российской Федерации по итогам рабочей поездки в Сибирский федеральный округ 24 августа 2009 года.