В 1982 году был учреждён зоологический заказник Цасучейско-Торейский, состоящий из двух участков: озера Барун-Торей и Цасучейского островного реликтового бора, расположенного в степи по правобережью реки Онон. После организации заказника начались работы по созданию Даурского степного заповедника.
Проект заповедника был составлен Западно-Сибирской проектно-изыскательской экспедицией, в состав которой вошли зоологи Биологического института СО АН СССР, ботаники Читинского государственного педагогического института имени Н. Г. Чернышевского, а также сотрудники Сохондинского заповедника и Института эволюционной морфологии и экологии животных имени А. Н. Северцова АН СССР. Научным руководителем проекта был академик Е. Е. Сыроечковский.
В 1986 году было принято решение №392 Исполкома Читинского областного Совета народных депутатов «Об организации и согласовании места расположения заповедника „Даурский“ на землях землепользователей Ононского и Борзинского районов».
В декабре 1987 года вышло постановление Совета Министров РСФСР №514 «О создании государственного заповедника „Даурский“ Главохоты РСФСР в Читинской области».
В 1994 году было подписано Межправительственное соглашение о создании международного заповедника «Даурия» на базе заповедников «Даурский» (Россия), «Монгол Дагуур» (Монголия) и «Озеро Далай» (Китай). С 1997 года заповедник включён во Всемирную сеть биосферных резерватов ЮНЕСКО. В 2017 году заповедник вошёл в состав российско-монгольского объекта Всемирного наследия ЮНЕСКО «Ландшафты Даурии»